El 1 de Agosto de 1209, los cruzados de Simon de Montfort pusieron sitio a la ciudad que se rindió quince días después debido a la falta de agua y al encarcelamiento de su negociador y jefe Raymond-Roger Trencavel. En 1240 su hijo intentó recuperar la ciudad y fracasó. Inmediatamente después, San Luis arrasó la villa y condenó a la población a siete años de éxodo. Transcurrido ese plazo, los dejó volver pero obligándoles a instalarse en la orilla izquierda del río Aude. San Luis recuperó la Cité y la reforzó para incorporar al reino de Francia sus nuevas adquisiciones territoriales. Su hijo, Felipe el Atrevido, hizo de Carcasona una ciudad inexpugnable.
Durante la Guerra de los Cien Años, el Príncipe Negro no se atrevió a atacarla y se contentó con quemar la ciudad baja.

Situada junto al Aude y al Canal del Midi, es una ciudadela medieval con doble muralla (fines del Siglo V y Siglos XII y XIII).

Posee el Castillo Condal, del Siglo XII, adosado a la muralla galo-romana, la Iglesia de Saint-Nazaire (Siglo XI), románica, con cabecera gótica, estátuas y vidrieras. Basílica de Saint Celse (Siglo XIV); La Muralla interior: parte de traza visigótica del Siglo VI reformada y elevada en el Siglo XIII. La muralla exterior: construída por San Luis y terminada por Felipe el Atrevido.
Destacan: la Puerta de Narbonne, que defendía la entrada a la ciudad fortificada; la Torre de Trésau; las lizas, grandes espacios abiertos donde se celebraban las justas y torneos; la Puerta Aude; la Torre de La Vade.
En la parte baja de la ciudad: el antíguo puente ó Pont Vieux sobre el río Aude; la Catedral gótica de Saint-Michel, la Iglesia de Saint-Vincent; la capilla carmelita, del Siglo XIII.

La doctrina cátara, basada en la separación absoluta entre el principio del Bien y del Mal, y sólo conocida por las personas iniciadas, se basaba en el secreto detentado por los profesos. Por su búsqueda de la pureza y su sentido de la austeridad, consiguieron numerosos adeptos entre los descontentos con la relajación de costumbres existente en la Iglesia Católica.
La doctrina cátara llamada de los albigenses por tener su centro en la ciudad de Albi, surgió en el Lemosín a fines del Siglo XI y se extendió durante el Siglo XII por el Sur de Francia: Toulouse, Carcasona, Narbona, Foix y Béziers fueron los principales focos. Considerados como heréticos y combatidos por el rey y la iglesia, perecen en las matanzas y hogueras que en aquella época, ensangrentaron todo el Sudoeste de Francia.
Muchas fueron las ciudades y las aldeas de Midi-Pyrénées que sufrieron la tragedia de las cruzadas contra la herejía cátara como:
Minerve: Construído sobre un promontorio rocoso entre las gargantas del río Cesse y de Brian, rodeado por profundos cañones excavados por torrentes. Destacan: Ruinas del Castillo, Iglesia de Saint-Etienne (Siglo XII).
Termes: Situado en la sierra de Les Corbières, sobre la localidad del mismo nombre.

Los cuatro castillos de Lastours, –las tors en occitano-, Cabaret, Tour Régine, Surdespine y Quertinheux, edificados sobre el mismo espolón rocoso, sobre el valle del río Orbiel, en el corazón de la sierra de la Montaña Negra, constituyeron desde el Siglo XI hasta la Revolución, un importante bastión defensivo, el cerrojo de la región de Cabardes. En 1208, el Papa Inocencio III (1209-1229), lanzó una cruzada contra los herejes cátaros que tenían numerosos adeptos. Esta cruzada, llevada a cabo por Simon de Montfort, sometió la región a fuego y sangre antes de conseguir aplastar la rebelión. Para escapar a sus asaltantes, los cátaros se refugiaban en unas fortalezas inexpugnables, encaramadas sobre unos promontorios escarpados. Tras años de lucha, todas cayeron y fueron enteramente quemadas. Esas fortalezas míticas, símbolo de la resistencia de los cátaros, se yerguen, desafiantes, en medio de un paisaje agreste.
Los últimos en caer fueron el castillo de Montségur en 1244, y el castillo de Quéribus en 1255.

Castillo de Montségur: En un lugar muy agreste, la Peña ó Pog de Montségur recuerda el holocausto de la Iglesia cátara, último episodio importante de la Cruzada contra los Albigenses. A partir de ese momento, el Languedoc quedó sometido al poder central de los Capetos.
Castillo de Peyrepertuse: Antigua plaza fuerte de la comarca de Corbières durante la Edad Media. La fortaleza estaba formada por dos edificaciones diferentes situadas en el mismo promontorio rocoso de 300 metros de longitud. El castillo feudal inferior perteneció desde 1162 a los soberanos aragoneses y permaneció al margen de las revueltas cátaras. En 1240 se rindió sin apenas resistencia, al senescal de Carcasona, quien lo ocupó en nombre del rey francés. Por el tratado de Corbell (1258) se convirtió en una plaza fuerte francesa frente al Rosellón español.